המיצ"ב הפנימי נועד לשימוש בית הספר כחלק מתהליך ההערכה הפנימית. מבחנים אלו מאפשרים לצוות בית הספר להפיק מן הנתונים לקחים ברמת התלמיד - איתור נקודות חוזקה וחולשה והצעת תיווח ההולם את הקשיים שהתגלו - וברמת המורה - זיהוי מוקדים שבהם רצוי שהמורה יגביר וישכלל את הידע של התלמידים. לכן, ציוני המיצ"ב הפנימי ישמשו רק את הנהלת בית הספר ואת צוותו, ובית הספר לא יידרש לדווח עליהם לגורם חיצוני. בית הספר יכול לעשות שימוש כהבנתו בציוני המיצ"ב הפנימי כחלק מההערכה השנתית של תלמידיו.
